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原子爆弾開発という理論上は可能だが多くの技術的困難の克服と極端な機密保持が要求されるマンハッタン計画には多数の科学者と技術者が参加したが、そのトップに選ばれて見事に職責を果たした理論物理学者のオッペンハイマーはプロジェクトを辞して研究生活に戻った後に政府の調査委員会に呼び出される。情緒不安定だった留学生時代から大学教員の職を得た後に左翼思想に目覚めた経緯や女性関係に至るまでの厳しい尋問の目的は核兵器拡散を妨げることだと思われたが、その過程でオッペンハイマーは趣味を共有する自分の広い交友関係の中に複数の共産主義者が存在した事実を指摘され、また原子爆弾開発によって戦争を終結させて多くの市民や兵士を救ったと賞賛されながらも自分の心の内に払拭し難い葛藤と忸怩たる思いがあったことに気づいていく。
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