東京湾で無人のクルーザーが発見される。その頃、同じ東京湾で大量の水蒸気爆発が起こり東京湾アクアラインのトンネル崩落事故が起こる。原因不明のため対策に追われる政府の会議でも意見が分かれる。内閣官房副長官矢口は巨大生物の存在の可能性を主張するが受け入れられない。その時、テレビ画面に巨大な尻尾が映し出されたと思うと、あっという間に巨大生物が上陸し町を破壊しながら移動する。原因が巨大生物ということで、政府は自衛隊に駆除を命ずるが、逃げ遅れた住民がいるために攻撃に躊躇していると、生物は東京湾に帰って行った。分析の結果、その生物は、海中に投棄された核廃棄物をエネルギーにしていると判明し「ゴジラ」と名付けられた。やがて、進化したゴジラが再び鎌倉から上陸してくる。
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