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ポルトガルのイエズス会に、日本の長崎で布教活動をしていたフェレイラ神父（リーアム・ニーソン）がキリスト教を禁止する幕府に捕まって棄教したとの知らせが入った。尊敬する神父の棄教が信じられない彼の弟子ロドリゴ（アンドリュー・ガーフィールド）とガルペ（アダム・ドライヴァー）は真相を確かめるべく日本へ向かう。彼らは信徒のキチジロー（窪塚洋介）の協力で日本に潜入するが、日本で彼らが目にしたのは過酷な幕府の弾圧に苦しむ隠れキリシタンと呼ばれる人々だった。棄教を強要する幕府は容赦無く信徒らを弾圧する。苦悩する信徒らを救って欲しいと神に祈る神父たち。しかし、神は沈黙するだけだった。
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